تجميع الورم باستخدام عامل المصفوفة غير السلبي مع اختيار الجينات

19

الوصف

في هذا المشروع ، استخدمنا ICA لنمذجة بيانات التعبير الجيني لاختيار الجينات ، ثم طبقنا NMF وامتداداته ، أي SNMF و NMFSC على مجموعات السرطان باستخدام الجينات المحددة. تم التحقق من صحة الطريقة المقترحة على مجموعة بيانات سرطان الدم ومجموعة بيانات الأورام الجنينية من الجهاز العصبي المركزي ومجموعة بيانات الورم الأرومي النخاعي.

يمكن العثور على أن نتائج التجميع المحسنة قد تحققت عن طريق اختيار الجينات الرئيسية باستخدام ICA. من النتائج التجريبية ، يمكننا أن نرى أن اختيار الجينات المستند إلى ICA مفيد للكشف عن مجموعات فرعية من الجينات ذات الصلة لتكتل الورم ، خاصة عند اقترانها بطريقة التجميع NMF. وتجدر الإشارة إلى أنه على الرغم من أن مجموعات البيانات الثلاث المستخدمة في تجاربنا لها عدد مماثل من الجينات ، أي حوالي 5000 ، فإن طريقتنا لا تحتوي على قيود على عدد الجينات الموجودة في البيانات. في الواقع ، يمكن تطبيق طريقتنا المقترحة على مجموعات البيانات التي تحتوي على جينات أكثر بكثير

ref :

Zheng, Chun-Hou, De-Shuang Huang, Lei Zhang, and Xiang-Zhen Kong. “Tumor clustering using nonnegative matrix factorization with gene selection.” IEEE Transactions on Information Technology in Biomedicine 13, no. 4 (2009): 599-607.

نسخة سريعة من كمينز العنقودية

 

خوارزمية التجميع MeanShift

 

المراجعات

لا توجد مراجعات بعد.

كن أول من يقيم “تجميع الورم باستخدام عامل المصفوفة غير السلبي مع اختيار الجينات”

لن يتم نشر عنوان بريدك الإلكتروني. الحقول الإلزامية مشار إليها بـ *